Jeśli organ podatkowy wszcznie kontrolę podatkową, należy pamiętać, że podatnikowi przysługują określone prawa. Przede wszystkim o zamiarze wszczęcia kontroli przedsiębiorca powinien zostać zawiadomiony na piśmie m.in. 7 dni przed jej faktycznym rozpoczęciem. Organ podatkowy może podjąć czynności przed upływem tego terminu, jeśli kontrola obejmuje pobranie próbek, dokonanie oględzin lub wykonanie pomiarów.

Przepisy przewidują jednak sytuacje, w których kontrolujący nie muszą zawiadamiać o zamiarze jej wszczęcia M.in. gdy przeprowadzenie kontroli ma przeciwdziałać popełnieniu przestępstwa, wykroczenia, przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego, a także zabezpieczenia dowodów jego popełnienia. Praktyka pokazuje, że organy podatkowe bardzo często rezygnują z zawiadamiania podatnika o planowanej kontroli i powołują się na tę okoliczność, jednocześnie nie wskazując uzasadnienia tej decyzji. Warto pamiętać, że praktyka ta odbiega od standardów prowadzenia kontroli przez właściwe organy i świadczy o łamaniu uprawnień podatnika. Zawiadomienie o kontroli służy tak naprawdę umożliwieniu podatnikowi przygotowania się do działań organu, aby nie wpływały negatywnie na ciągłość prowadzonej działalności.

Kontrola – po odpowiednim wcześniejszym zawiadomieniu – wszczynana jest na podstawie upoważnienia, które musi zawierać określone przez prawo elementy, przede wszystkim zakres kontroli. Dokument, który nie spełnia tych wymagań, nie może być podstawą skutecznych i zgodnych z prawem czynności organu.

Prowadzenie kontroli podatkowych u przedsiębiorców jest również ograniczone czasowo oraz ilościowo. Kontrola nie może przekraczać – w zależności od wielkości przedsiębiorstwa – od 12 do 48 dni roboczych. Nie można także równocześnie prowadzić więcej niż jednej kontroli działalności przedsiębiorcy, chyba że kontrolowany wyrazi zgodę na więcej niż jedną kontrolę. Do wskazanego ograniczenia nie zaliczamy jednak kontroli prowadzonych w zakresie np. zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług lub jest konieczna z powodu bezpośredniego zagrożenia życia, zdrowia lub środowiska.

Organ podatkowy nie jest również uprawniony do przeprowadzenia ponownej kontroli w określonym podatku za konkretny okres, chyba że zaistnieją okoliczności uzasadniające takie działanie. W tym przypadku najważniejszą z nich jest podejrzenie, że uprzednią kontrolę przeprowadzono z naruszeniem prawa, które miało wpływ na jej wynik.

Te i inne ograniczenia wprowadzone przez ustawodawcę nie zawsze są jednak respektowane przez organy podatkowe. Takie postępowanie świadczy o naruszaniu praw jednostki przez organy właściwe i wykorzystaniu ich nadrzędnej pozycji wobec podatnika. Dlatego też tak istotna jest świadomość, że kontrolowany nie jest na straconej pozycji w starciu z organami podatkowymi. Warto również pamiętać, że nawet jeśli organ stwierdzi nieprawidłowości w rozliczeniach podatkowych to nie zawsze jest to prawidłowa ocena. Bardzo często dochodzenie swoich racji przez podatników na dalszych etapach postępowania kończy się pozytywnym wyrokiem potwierdzającym stanowisko przedsiębiorcy.

Dlatego też już na etapie kontroli podatkowej pomoc profesjonalnego pełnomocnika zapewni przestrzeganie praw kontrolowanego. Dodatkowo znajomość prawa podatkowego pomoże w obronie przed zarzutami organu o nieprawidłowościach w rozliczeniu. Warto pamiętać, że specyfika podatku akcyzowego czy brak jednolitej interpretacji przepisów o opłacie cukrowej sprzyjają wszczynaniu kontroli, a następnie określaniu zobowiązania podatkowego w wyższej kwocie niż zapłacona przez podatnika. Skuteczna obrona pomoże uniknąć obowiązku zapłaty dodatkowych należności na rzecz Skarbu Państwa.